资金不足是一大难题
云南省政府法制办主任祁希元认为，面对滇池治理新的压力，1988年出台、2002年重新修订过的昆明市地方性法规《滇池保护条例》，已经不能适应对滇池综合保护工作的需求。
“滇池保护工作中存在着许多困难和问题。”祁希元说，目前，滇池水污染防治任务主要由昆明市承担，管理职能涉及水利、环境保护、农业、林业、交通运输、国土资源以及市政建设等部门。昆明市滇池管理局成立以来，滇池治理取得了一定成绩，但管理体制与滇池水污染综合防治要求不适应，省、市有关部门职责不清，权限不明，多头管理，职能交叉，县、乡政府角色缺失，监督不力，没有形成合力。
除管理机制不顺，重“建”轻“管”外，资金不足也是滇池保护面临的一大难题。
尽管云南省、昆明市政府已经投入大量资金治理滇池，但仅仅依靠各级财政预算资金或者注册性收费来解决资金问题远远不够。据悉，“十二五”期间，滇池治理规划项目101个，投资总额达到420.14亿元。截至今年5月，已完成投资89.29亿元，还需投入330.85亿元，资金筹措压力较大。
为此，在“十一五”期间发行8亿元滇池治理债券的基础上，昆明市今年还将发行15亿元滇池治理债券。在政府引导性投入的基础上，继续推广BT和BOT融资模式，建立和完善与市场化相适应的投融资平台体系，开放环保基础设施建设与运营市场化，打包一批项目对外招商，让企业参与滇池治理和保护。
出台政策前需考虑公众参与问题
然而，经媒体报道后，却遭到一些网民的质疑，“生态补偿费该不该收”成为热议话题。
赞成者认为：“从目前的情况看，滇池的生态形势严峻，治污和保护需要大量资金。作为游客，在去滇池旅游的过程中，无疑会产生一定的能源消耗和废物排放。按照谁受益谁付款的原则，游客为滇池保护掏点钱，未尝不可。”
反对者认为：“生态补偿费不能说收就收。滇池管理方首先应该把相关账目亮出来，用数据告诉人们，现在滇池在生态保护方面的费用都是从哪些途径筹措的，总额多少，缺口多大，有没有其他办法可以解决；其次，要举行听证会，就征收事宜公开向公众征询意见。”
多年从事环保工作的自然之友理事李波认为，要征收滇池生态资源补偿费，首先要把过去10多年滇池治理的信息全部公开，同时召开有关滇池治理的公共听证会,就公众参与和监督的角色和程度等问题作充分的研讨。
“政府应该充分重视来自民间的治理愿望，包括相应的责任、权力和义务。”云南大学生命科学院副院长段昌群说：“在一个行政命令、法规出台前，应考虑到公众如何有效参与，用什么样的渠道参与。环保问题从根本上就是一个利益问题，推动公众参与，必须要有相关机制来确保不同利益群体的诉求和愿望。”他认为，从生态补偿的角度收取一定的补偿费是可以的，相关人群享受到不断提高的生态环境服务要有相应的付出。但是对这一涉及社会公众利益的公益产品的收费理由、征收方式、征收人群、受益人群、何时征收、被征收者的承受能力、征收后的费用如何支出和监管等问题都要经过必要的科学研究、广泛听证。如果人们付了钱，增加了支出，面向社会公众就应该说清楚能够提供的更好的生态服务和生态产品是什么。
公众质疑滇池治理信息不透明
说起对生态资源补偿费的质疑，曾参与编制滇池流域水污染防治计划的一位专家认为，这“实际上表达了公众对政府治理滇池信息披露不透明的不满”。
“在过去10年里，昆明市相关部门对滇池治理的长期性、艰巨性、复杂性和治理难度估计不足，统计、监测、研究等基础环节薄弱，缺乏综合对策。”这位专家说，滇池水污染是滇池流域资源、生态和社会经济发展之间矛盾的集中表现。从根本上解决滇池污染问题，必须从可持续发展的战略高度出发，通过实施城市发展规划、土地利用规划、产业结构调整计划等多种手段进行综合治理。“但是由于对此项工作的综合性和复杂性缺乏充分认识，防治工作存在‘单打一’的现象，忽略了公众参与的重要性。”
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